技能学习机制遵循明确的游戏设定，部分技能需要通过特定方式获取。关键技能如冲浪、飞翔、一字斩等均属于秘传机器（HM）或技能机器（TM），其获取途径和教学条件有严格限制。例如冲浪术（HM03）需在野生原野区完成捕捉比赛后获得，而飞翔（HM02）则需在雷电市战胜馆主雷伊并完成加拉多斯隧道救援任务后取得。这些技能不仅影响战斗策略，更是探索地图的必要工具，玩家需根据剧情推进逐步解锁。
技能的教学还受到口袋妖怪属性的限制。并非所有精灵都能学习特定技能，例如飞翔仅限飞行属性或具备飞行能力的精灵，而一字斩（TM01）则需物理攻击型精灵配合。玩家需在彩虹馆解救任务后获取TM01，或在月见山剧情中选择化石复活后通过等级提升自然习得。部分技能如挖洞（TM28）可通过击败火箭队成员获得，但需注意技能栏位有限，需合理分配。
隐藏技能的获取往往与支线任务绑定。蓝宝石和红宝石的收集任务涉及第六岛屿的迷宫探索，而绿宝石需在森林深处使用特定道具解锁通道。这些隐藏要素不仅扩展了技能池，还可能触发特殊剧情或对战机会。技能机器为一次性消耗品，而秘传机器可重复使用，但会占用精灵的技能栏位直至遗忘。
后期技能强化依赖道具和NPC交互。战斗探测器可追踪训练师重复对战获取经验值，而游戏厅兑换的代币能换取稀有技能机器。宝可梦俱乐部的会长会赠送自行车兑换券，间接提升移动效率以方便技能训练。二周目新增的极巨化战斗和MEGA进化机制，进一步丰富了技能搭配的可能性，但需通过特定剧情解锁相应道具。
技能系统的深度设计构成了游戏策略的核心维度。从基础属性克制到秘传机器的地图交互，每个技能的获取与运用都需要玩家综合考量精灵培养、剧情进度和资源管理。这种设计既保持了线性叙事的引导性，又为探索型玩家提供了足够的自由度，使技能收集成为贯穿游戏始终的可持续目标。
