选择合适的精灵对于游戏进程至关重要。初始选择的御三家妙蛙种子、小火龙和杰尼龟各有特点，妙蛙种子具备草和毒双属性，在前期对抗水系和岩石系时表现优异；小火龙进化后拥有强大的火属性攻击力，但需注意其前期对岩石系道馆的劣势；杰尼龟则凭借出色的防御和水属性技能成为稳健选择。这三只精灵的最终进化形态都能在后期战斗中发挥关键作用，因此初始选择需结合个人战术偏好。
常磐森林中出现的皮卡丘是前期必抓的电系精灵，其高速特性和电属性技能能有效应对水系和飞行系敌人。华蓝市附近水域的可达鸭同样值得关注，作为水属性精灵，它不仅攻击力出色，还能学习多种实用技能。月见山洞穴内的小拳石拥有坚实的地面属性防御，能有效抵挡电系和火系攻击，而派拉斯则因其草属性在对抗水系道馆时不可或缺。这些精灵分布广泛且捕捉难度较低，是组建均衡队伍的基础。
游戏中期在彩虹市百货大厦顶楼可获得的伊布是极具战略价值的精灵，其多分支进化路线能适应不同战斗需求。枯叶市圣安奴号船长赠送的乘龙则弥补了队伍中冰属性攻击的空白。野生原野区出现的吉利蛋拥有惊人的特防和HP，是优秀的辅助型精灵。这些特殊获取途径的精灵往往具备独特属性或技能组合，能为队伍带来战术多样性。
后期在七岛任务中遇到的卡比兽凭借高HP和物攻成为物理输出核心，而双子岛急冻鸟则是稀有的冰系传说精灵。华蓝洞窟的超梦作为游戏终极BOSS级存在，虽然捕捉难度极高，但其全面的能力值值得投入精力。三圣鸟中的闪电鸟和火焰鸟分别在电系和火系领域具有统治级表现，这些高种族值精灵能显著提升队伍后期战斗力。
精灵培养过程中需注意属性互补和技能搭配，草系精灵克制水系但弱于火系，电系克制飞行却对地面无效。合理的队伍应包含物理输出、特殊输出、防御型及变化技能使用者。通过技能机器学习的冲浪、飞空术等秘传技能既能用于探索也能参与战斗。精灵的个体差异和性格影响虽不明显但确实存在，重复捕捉同类精灵可择优培养。
最终队伍构成没有固定模板，但应确保能应对八大道馆和四天王的全部属性挑战。前期捕捉的精灵通过持续培养往往比后期高等级野生精灵更具潜力。游戏中的交换机制可获得特定进化形态，如勇吉拉需交换进化为胡地。部分稀有精灵如迷你龙需要耐心垂钓或特殊事件触发，建议在关键剧情节点前做好存档准备。
