攻击的基础是按下O键，配合不同的方向键可以形成多样的连击，部分角色觉醒后连招会发生变化。防御则通过按下R2键实现。道具的使用对应方向键的上、下、左、右键。移动方面，按下X键可以进行跳跃，在空中再次按下X键则可进行二段跳跃，而快速按两次X键能发动忍者冲刺，实现快速移动。
受身是在被敌人吹飞时，于空中或着地前按下X键来恢复体势以减少伤害。投技通过同时按下R2和O键发动，此攻击可以无视对手的普通防御。当对手持续防御你的普通攻击大约10次后，其防御特效会由绿变红，此时会破防并使其短暂眩晕。防守反击是在对手攻击命中的瞬间，先按L2键再按O键来完成替身后的反击。替身术是关键的回避技能，在被攻击的瞬间按下L2键即可发动，但需要注意替身槽耗尽后需要时间恢复。
查克拉是释放强大技能的核心资源，按住△键可以进行查克拉蓄力。在此基础上有多种衍生技能。按下△键后再按□键，可以消费查克拉发射查克拉飞镖。按下△键后再按X键，则可发动查克拉冲刺，这个动作在空中也可以使用，向后推摇杆还能进行后冲刺。忍术的释放方式是按下△键后再按O键，同样需要消费查克拉，部分角色在按△后长按O键可以发动第二忍术。战斗中还有一种称为查克拉取消的技巧，即在连击过程中按下△+X，或推向敌人反方向的摇杆+△+X，可以用来快速后撤并取消连击硬直。
发动普通奥义需要快速按两次△键，待角色身体闪烁光芒后再按O键，需要消费查克拉且在角色觉醒后无法使用。本作还有独特的觉醒系统，分为即时觉醒和逆转觉醒。即时觉醒只需推一下右摇杆即可发动，发动期间会不断消耗查克拉上限，待查克拉上限降低到一定程度会自动解除。逆转觉醒则是在角色血量较低时，长按△键直至查克拉充满来发动强力变身。
