战舰操作是无尽拉格朗日核心玩法之一，合理调整舰队配置与战术部署直接影响战斗效率。游戏内战舰分为突击舰、轰炸舰、防御舰和支援舰四种基础类型，每种类型需根据其特性进行差异化操作。突击舰适合前排火力压制，需优先部署于阵型前方；轰炸舰应置于中后排保证持续输出；防御舰需承担伤害吸收功能，通常放置于关键位置；支援舰则根据技能效果选择站位，例如全队治疗类舰船建议居中部署以覆盖全队。操作时需特别注意战舰技能与站位的联动关系，线性伤害技能需对齐敌方阵型，范围伤害技能则需瞄准敌方密集区域。
技术值强化系统是提升战舰性能的关键操作环节。通过战斗升级或研究档案获取技术值后，可对舰船各子系统进行针对性强化。主武器系统优先强化伤害相关模块，装甲系统侧重防御属性提升，工程舰则需重点强化仓储与开采效率。操作时需注意技术值分配策略，例如单发高伤武器优先降低冷却时间，连发武器优先提升单次伤害。所有加点均可免费重置，但技术值一旦分配给特定舰船型号将无法跨型号通用，因此操作前需谨慎规划强化路线。
舰队编组操作需综合考虑指挥值上限、移动速度与功能互补性。单支舰队指挥值上限为400，战巡和航母等高消耗单位建议通过增援功能加入战斗。编队时移动速度取决于最慢舰船，高速舰队适合执行偷袭与资源点争夺任务。主力接战队应以巡洋舰为核心构建抗打阵容，输出舰队则追求极致火力无需考虑生存。操作中可通过增援ST59等方案临时调整舰队坦度，但需注意增援会导致曲速航行转为普通航行。
资源采集与任务系统操作直接影响发展效率。工程船需根据资源点储量合理配置，中型工程船开采效率优于小型但占用更多指挥值。操作采集任务时需注意单个资源点仅允许一艘工程船作业，且矿点等级仅影响储量不影响采集速度。委托任务中运输与资源置换优先级较高，剿灭海盗类任务性价比偏低。采矿平台可节省计划圈并提供10%-30%采集加成，但仅对同盟成员生效，这类战略建筑的操作需提前与盟友协调部署。
战舰生产与蓝图研究是后期操作重点。生产线分为主力舰、战机和超主力舰三类，需根据基地等级逐步解锁。操作生产界面时可使用预制模组加速建造，但需注意不同舰船消耗资源比例差异显著。蓝图研究通过技术值强化舰船属性，子型号间技术值可无损转移。操作研究协议时建议集中资源培养核心舰种，避免过度分散技术值导致主力舰强度不足。舰船模块改装系统提供5-7个配件槽位，操作时应根据战斗数据反馈持续优化配置方案。
